1998年11月25日，迪斯尼与皮克斯合作的第二部电脑动画长片《虫虫危机》(A Bug's Life)上映。这回，导演约翰·拉塞特把故事的背景搬到了昆虫世界。一群准备储粮过冬的蚂蚁，长期以来一直遭到蚱蜢的掠夺与攻击，眼看蚱蜢征收粮食的季节又要来临，蚂蚁们辛苦地工作、储粮，却被一只名叫菲力的蚂蚁把一切都搞砸了。菲力于是决定找其它昆虫帮忙，希望能从此摆脱蚱蜢的威胁。菲力阴错阳差地找来了一群马戏团的虫虫，他们终于合力赶走了蚱蜢，菲力也成了蚂蚁岛的英雄。《虫虫危机》共有1.63亿美元进账。

1999年11月24日，世界上第一部完全制作的电影《玩具总动员2》 (ToyStory2)上映。这部迪斯尼与皮克斯合作的第三部电脑动画长片的内容及人物都接续《玩具总动员》。胡迪为了解救被清仓大甩卖的旧玩具，被一个疯狂的玩具店老板抢走。原来，胡迪是50年代最有名的组合玩具的明星成员。胡迪与女牛仔杰西将被运往日本的玩具博物馆。巴斯光年和其它玩具费尽九牛二虎之力才救出胡迪和杰西。凭借《玩具总动员2》2.45亿美元票房的佳绩，导演约翰·拉塞特与斯皮尔伯格、詹姆斯 ·卡梅隆等并称为好莱坞最会赚钱的十大导演。

2001年11月2日，迪斯尼与皮克斯公司合作的第四部电脑动画长片《怪物公司》( Monsters，Inc.)上映。故事在一个与人类世界并存的怪物世界里展开。当人类的父母不在的时候，怪物们就会从衣橱的门溜进来吓唬小孩，因为小孩的惊叫和恐惧正是维系怪物世界运转的能量来源，怪兽电力公司就是制造能量的工厂。小朋友们越来越不容易被吓倒，怪物世界因此面临严重的能源危机。公司里顶尖惊吓专家毛毛及助手大眼仔是最佳拍档。一次，毛毛意外把小女孩阿布带进了怪物世界，引起了一阵恐慌，因为人类的小孩被怪兽界认为是有毒的。毛毛和大眼仔尽力保护阿布，最后终于成功地送她回家。《怪物公司》上映10天就突破了一亿美元大关。